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内容简介
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目录
译者序
序言
致谢
分子生物学实验技术目录
第Ⅰ部分 导论
第1章 分子生物学简史
1.1 传递遗传学
孟德尔的遗传定律
遗传的染色体理论
遗传重组和遗传定位
重组的物理学证据
1.2 分子遗传学
DNA的发现
基因和蛋白质之间的关系
基因的行为
1.3 生命的三个域
第2章 基因的分子特性
2.1 遗传物质的特性
细菌转化
多核苷酸的化学本质
2.2 DNA结构
实验背景
双螺旋
2.3 RNA基因
2.4 核酸的物理化学性质
DNA结构的多样性
不同大小和形状的DNA
第3章 基因功能简介
3.1 储存信息
基因表达的总体过程
蛋白质结构
蛋白质功能
信使RNA的发现
转录
翻译
3.2 复制
3.3 突变
镰状细胞贫血病
第Ⅱ部分 分子生物学方法
第4章 分子克隆方法
4.1 基因克隆
限制性内切核酸酶的作用
载体
用特异性探针鉴定目的克隆
cDNA克隆
cDNA末端快速扩增
4.2 聚合酶链反应
标准PCR
用反转录酶PCR进行cDNA克隆
实时定量PCR
4.3 表达克隆基因的方法
表达载体
其他真核载体
利用Ti质粒将基因导入植物
第5章 研究基因和基因活性的分子工具
5.1 分子的分离
凝胶电泳
双向凝胶电泳
离子交换层析
凝胶过滤层析
亲和层析
5.2 示踪标记
放射自显影
磷屏成像
液体闪烁计数器
非放射性示踪
5.3 核酸杂交的应用
Southern印迹:鉴定特异DNA片段
DNA指纹和DNA分型
DNA指纹和DNA分型在法医学中的应用
原位杂交:基因在染色体中的定位
免疫印迹(Western印迹)
5.4 DNA测序和物理图
Sanger链末端终止测序法
自动化DNA测序
高通量测序
限制图
5.5 基于克隆基因的蛋白质工程:定点诱变
5.6 图谱定位与转录物定量
Northern印迹
S1核酸酶作图
引物延伸法
截断转录和无G盒转录
5.7 测定体内转录速率
细胞核连缀转录
报告基因转录
测定体内蛋白质积累
5.8 分析DNA-蛋白质相互作用
滤膜结合
凝胶阻滞
DNA酶足迹
DMS足迹法和其他足迹法
染色质免疫沉淀(ChIP)
5.9 蛋白质-蛋白质相互作用研究
5.10 寻找与其他分子相互作用的RNA序列
SELEX
功能SELEX
5.11 基因敲除和转基因
基因敲除小鼠
转基因小鼠
第Ⅲ部分 原核生物的转录
第6章 细菌的转录机制
6.1 RNA聚合酶的结构
σ亚基是一种特异性因子
6.2 启动子
RNA聚合酶与启动子的结合
启动子结构
6.3 转录起始
σ因子促进转录起始
σ因子的再利用
σ循环的随机模型
启动子处DNA的局部解链
启动子清除
σ因子的结构和功能
α亚基在UP元件识别中的功能
6.4 延伸
核心酶在延伸过程中的作用
延伸复合体的结构
6.5 转录的终止
Rho非依赖型终止
Rho依赖型终止
第7章 操纵子:细菌转录的精细调控
7.1 lac操纵子
lac操纵子的负调控
操纵子的发现
阻遏物与操纵基因间的相互作用
阻遏机制
lac操纵子的正调控
CAP的作用机制
7.2 ara操纵子
ara操纵子的阻遏环
ara操纵子阻遏环的证据
araC的自主调节
7.3 trp操纵子
色氨酸在trp操纵子负调控中的作用
衰减作用对trp操纵子的调控
衰减作用的失效
7.4 核糖开关
第8章 细菌转录机制的主要转换模式
8.1 σ因子的转换
噬菌体感染
孢子形成
拥有多启动子的基因
其他σ因子的转换
抗σ因子
8.2 T7噬菌体所编码的RNA聚合酶
8.3 λ噬菌体对E.coli的感染
λ噬菌体的裂解繁殖
溶源态的建立
溶源期cI基因的自我调节
被λ噬菌体感染后寄主命运的决定:裂解或溶源
溶源菌的诱导
第9章 细菌中DNA-蛋白质的相互作用
9.1 λ阻遏物家族
利用定点突变探测结合的专一性
λ阻遏物-操纵基因相互作用的高分辨率分析
434噬菌体阻遏物-操纵基因相互作用的高分辨率分析
9.2 trp阻遏物
色氨酸的作用
9.3 对蛋白质-DNA相互作用的一般性认识
四个不同碱基对的氢键形成能力
多聚DNA结合蛋白的重要性
9.4 DNA结合蛋白:远程作用
Gal操纵子
重复的λ操纵基因
增强子
第Ⅳ部分 真核生物的转录
第10章 真核生物的RNA聚合酶及其启动子
10.1 真核生物RNA聚合酶的多种形式
三类细胞核聚合酶的分离
三类RNA聚合酶的作用
RNA聚合酶亚基结构
10.2 启动子
Ⅱ类启动子
Ⅰ类启动子
Ⅲ类启动子
10.3 增强子与沉默子
增强子
沉默子
第11章 真核生物中的通用转录因子
11.1 Ⅱ类因子
Ⅱ类预起始复合物
TFIID的结构和功能
TFIIB的结构和功能
TFIIH的结构和功能
中介物复合体和RNA聚合酶Ⅱ全酶
延伸因子
11.2 I类因子
核心结合因子
UPE结合因子
SL1的结构和功能
11.3 Ⅲ类因子
TFIIIA
TFIIIB和TFIIIC
TBP的作用
第12章 真核生物的转录激活因子
12.1 激活因子的类型
DNA结合域
转录激活域
12.2 激活因子DNA结合模体的结构
锌指结构
GAL4蛋白
细胞核受体
同源异型域
亮氨酸拉链和螺旋-环-螺旋域
12.3 激活因子各功能域的独立性
12.4 激活因子的功能
TFIID的募集作用
聚合酶全酶的募集
12.5 激活因子间的相互作用
二聚化作用
远程作用
转录工厂
复合增强子
结构转录因子
增强体
绝缘子
12.6 转录因子的调控
辅激活因子
激活因子的泛素化
激活因子的SUMO修饰
激活因子的乙酰化
信号转导途径
第13章 染色质结构及其对基因转录的影响
13.1 染色质结构
组蛋白
核小体
30nm纤丝
染色质折叠的更高级结构
13.2 染色质结构与基因活性
组蛋白对Ⅱ类基因转录的影响
核小体定位
组蛋白乙酰化
组蛋白去乙酰化
染色质重建
异染色质与沉默
核小体与转录的延伸
第Ⅴ部分 转录后加工
第14章 RNA加工I:剪接
14.1 断裂基因
有关断裂基因的证据
RNA剪接
……
第Ⅶ部分 DNA复制、重组和转座
第Ⅷ部分 基因组
精彩书摘
转录抑制剂如(无配体核受体和Mad—Max)结合到DNA位点上,并与NCoR/SMRT、SIN3等辅阻遏物相互作用,然后与组蛋白脱酰酶(如HDAC1和HDAC2)结合。这种三元蛋白复合体的装配使组蛋白脱酰酶更接近邻近的核小体。核心组蛋白的去乙酰化使组蛋白的碱性尾紧密结合到附近核小体的DNA和组蛋白上,稳定核小体,抑制转录。
许多真核基因的激活需要染色质重建。几种不同的蛋白质复合体执行这一重建任务,它们都有ATPase活性,可以控制ATP水解,为染色质重建提供能量。依据ATPase组分的不同可区分重建复合体。其中两个研究最清楚的复合体是SWI/SNF和ISWI。哺乳动物的SWI/SNF复合体以BRG1为其ATPase,还有9~12个BRG1-相关因子(BAF)。其中一个高度保守的BAF叫做BAF155或BAF170,它具有负责组蛋白结合的SANT结构域,可帮助SWI/SNF结合到核小体上。重建复合体的ISWI家族具有SANT结构域和另一个叫做SLIDE的结构域,SLIDE结构域可能参与DNA结合。
对染色质重建机制的细节还不清楚,但确实涉及核小体的移动,伴随DNA与核心组蛋白间连接的松弛。与核小体中非催化DNA的暴露,或核小体沿一段DNA简单滑行不同,被催化核小体的重建涉及与核心组蛋白对应的核小体DNA不同构象的形成。
ChIP分析可以揭示在激活期间与基因结合的蛋白质因子的顺序。酵母HO基因活化时,首先结合的是Swi5,接着是SWI/SNF和SAGA,后者含有HATGcn5p,然后是通用转录因子和其他蛋白质。因此,染色质重建位于该基因激活的第一步,但是不同基因的蛋白质结合顺序也不尽相同。
……
前言/序言
现代生物科学前沿探索:从结构到功能 图书名称: 现代生物科学前沿探索:从结构到功能 作者: [此处可填写真实作者姓名或相关领域专家群体] 出版社: [此处可填写真实出版社名称] 第一部分:生命的基石——结构生物学与分子机器的解析 本书聚焦于生命现象最微观层面的运作机制,深入剖析了构成生命体的核心分子——蛋白质、核酸及其复合物——的精妙结构与动态变化。我们力求超越静态的分子图像,呈现生命过程中分子的实时三维构象、相互作用模式及其调控机制。 第一章:蛋白质的三维世界与功能实现 本章详细阐述了蛋白质折叠的物理化学原理,从一级序列到高级结构(二级、三级和四级结构)的形成路径。特别关注了热力学驱动力、分子伴侣的作用以及错误折叠可能导致的疾病机制,例如朊病毒的聚集与传播。 高级结构解析技术: 详细介绍了X射线晶体学、冷冻电子显微镜(Cryo-EM)在解析复杂蛋白质结构中的最新进展,特别是针对膜蛋白和瞬态复合物的结构捕获策略。 构象动力学与变构调控: 探讨了酶活性中心如何通过远程的变构效应进行精确调控,阐释了分子马达(如肌球蛋白、驱动蛋白)如何将化学能转化为机械能的循环机制。 蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIs): 分析了细胞内信号传导、物质运输和基因调控网络中PPIs的拓扑结构特征、结合亲和力的量化方法,以及如何利用高通量筛选技术识别关键的相互作用界面。 第二章:核酸的结构、动态与信息存储 本部分深入DNA和RNA的分子结构,重点讨论了它们在遗传信息传递、调控以及催化功能中的核心作用。 DNA拓扑学与染色质结构: 阐述了DNA超螺旋的形成与拓扑异构酶的解旋机制。深入探讨了染色质的组织结构——从核小体到染色体的层级组装,以及组蛋白修饰(如乙酰化、甲基化)对基因表达的表观遗传调控。 RNA的多功能性: 不再将RNA视为简单的信使,而是强调了其作为功能性分子(tRNA、rRNA、snRNA、miRNA、lncRNA)的多样性。详细介绍了核糖体的催化机制(核酶活性),以及RNA折叠对功能实现的重要性。 DNA修复与重组的分子基础: 系统梳理了错配修复、核苷酸切除修复、碱基切除修复等关键机制,以及涉及RecA蛋白家族的同源重组过程,这些是维持基因组稳定性的关键防御体系。 第二部分:调控的艺术——信号转导与基因表达调控 生命活动的核心在于对内部和外部环境变化的快速、精确响应。本部分聚焦于细胞如何接收、处理信号并将其转化为精确的分子反应。 第三章:细胞信号转导的级联反应 本章全面覆盖了从细胞表面受体到细胞核效应因子之间的信息传递链条。 膜受体系统: 详述了G蛋白偶联受体(GPCRs)的激活机制、酪氨酸激酶受体(RTKs)的二聚化与自磷酸化,以及离子通道的门控机制。重点分析了第二信使(cAMP, Ca2+, IP3)的产生、扩散与下游效应激活。 激酶与磷酸酶网络: 深入探讨了信号转导中磷酸化-去磷酸化循环的精确控制,如何通过信号放大和交叉对话(Crosstalk)实现复杂的细胞决策,例如MAPK级联反应在增殖与凋亡中的调控平衡。 非编码RNA在信号通路中的新兴作用: 阐述了微小RNA(miRNA)如何作为负反馈或微调器,精确地调控信号蛋白的翻译水平,为信号通路提供了额外的调控维度。 第四章:基因表达的精确调控 本部分关注遗传信息如何被读取、编辑和表达,以及跨越不同层次的调控手段。 转录起始的分子机器: 详细解析了真核生物RNA聚合酶II的全貌,启动因子(如TFIIH)的招募、前导间隔的打开以及转录泡的稳定机制。特别关注了转录因子如何通过DNA结合域与激活域精确识别并调控特定的基因启动子。 RNA加工与转运: 描述了mRNA剪接的机制(包括内含子识别和剪接体组装),以及可变剪接如何通过同一基因产生多种蛋白质异构体。讨论了mRNA的5'加帽和3'加尾对mRNA稳定性及翻译效率的影响。 翻译的调控: 涵盖了从核糖体装配到多聚核糖体活动的整个过程。重点分析了起始因子eIF2的磷酸化在应激反应中如何全局抑制蛋白质合成,以及开放阅读框上游(uORFs)对主要阅读框翻译的抑制作用。 第三部分:前沿交叉领域与应用展望 本书的最后一部分将视野拓展到分子生物学与其他新兴学科的交叉前沿,展示了分子理解如何驱动生物技术的革命。 第五章:细胞器生物学与分子运输 本章探讨了膜分隔细胞器在分子功能划分中的重要性,以及分子机器如何实现精确的物质输送。 线粒体与能量代谢: 深入解析线粒体内膜电子传递链的结构与功能,氧化磷酸化的质子梯度驱动机制,以及线粒体基因组的特殊复制与表达系统。 内质网与分泌途径: 描述了蛋白质在内质网中的折叠质量控制系统(如UPR),信号肽介导的易位机制,以及高尔基体中蛋白质的分类与靶向运输。 溶酶体与自噬: 阐释了细胞如何通过自噬途径对受损细胞器和蛋白质聚集体进行降解和回收的精细调控,这是维持细胞稳态的关键过程。 第六章:分子生物学技术的前沿与挑战 本章回顾了支撑现代生物学研究的核心技术,并展望了下一代工具的潜力。 基因组工程工具: 详细介绍了CRISPR/Cas系统(包括Cas9、碱基编辑器、先导编辑器)的作用原理、脱靶效应的控制策略以及在不同物种中的应用拓展。 单细胞组学技术: 探讨了单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序等技术如何揭示细胞异质性,以及如何结合空间转录组学数据解析组织微环境中的分子图谱。 合成生物学与蛋白质工程: 讨论了如何利用分子组件设计全新的生物通路和细胞系统,以及基于定向进化和理性设计来改造酶的催化效率、底物特异性或稳定性,以满足工业和医疗需求。 本书旨在为具有一定基础知识的读者提供一个全面、深入且与时俱进的分子生物学视角,强调动态过程、复杂调控网络以及前沿技术在解析生命奥秘中的关键作用。