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對此說法,其實早有爭議。反對中醫者認為不能誇大中醫藥古籍在發現青蒿素的過程中起到的作用。例如,他們認為,雖然部分中醫藥方裏有青蒿治瘧疾的方子,但是基本上都是按傳統的中藥用法加熱煎服,這將破壞青蒿素的化學結構,從而失去治療作用,因此在中醫藥的實踐曆史上,可以說青蒿沒有起到治瘧疾的作用。而明確記載青蒿治“瘧疾寒熱”、並引用葛洪的“肘後方”中使用方法的中藥大典《本草綱目》,則根本就是搞錯瞭藥的種類——李時珍認為能用來治瘧疾的“香蒿”青蒿,實際上並不含有治瘧疾的有效成分青蒿素,而另一種李時珍沒有提到有治瘧疾作用的“臭蒿”黃花蒿,纔是真正含有青蒿素的有效藥物,並認為“青蒿素”實際上應該叫做“黃花蒿素”。著名科普作傢方舟子就曾錶達過這種觀點。
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