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編輯推薦
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內容簡介
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目錄
譯者序
序言
緻謝
分子生物學實驗技術目錄
第Ⅰ部分 導論
第1章 分子生物學簡史
1.1 傳遞遺傳學
孟德爾的遺傳定律
遺傳的染色體理論
遺傳重組和遺傳定位
重組的物理學證據
1.2 分子遺傳學
DNA的發現
基因和蛋白質之間的關係
基因的行為
1.3 生命的三個域
第2章 基因的分子特性
2.1 遺傳物質的特性
細菌轉化
多核苷酸的化學本質
2.2 DNA結構
實驗背景
雙螺鏇
2.3 RNA基因
2.4 核酸的物理化學性質
DNA結構的多樣性
不同大小和形狀的DNA
第3章 基因功能簡介
3.1 儲存信息
基因錶達的總體過程
蛋白質結構
蛋白質功能
信使RNA的發現
轉錄
翻譯
3.2 復製
3.3 突變
鐮狀細胞貧血病
第Ⅱ部分 分子生物學方法
第4章 分子剋隆方法
4.1 基因剋隆
限製性內切核酸酶的作用
載體
用特異性探針鑒定目的剋隆
cDNA剋隆
cDNA末端快速擴增
4.2 聚閤酶鏈反應
標準PCR
用反轉錄酶PCR進行cDNA剋隆
實時定量PCR
4.3 錶達剋隆基因的方法
錶達載體
其他真核載體
利用Ti質粒將基因導入植物
第5章 研究基因和基因活性的分子工具
5.1 分子的分離
凝膠電泳
雙嚮凝膠電泳
離子交換層析
凝膠過濾層析
親和層析
5.2 示蹤標記
放射自顯影
磷屏成像
液體閃爍計數器
非放射性示蹤
5.3 核酸雜交的應用
Southern印跡:鑒定特異DNA片段
DNA指紋和DNA分型
DNA指紋和DNA分型在法醫學中的應用
原位雜交:基因在染色體中的定位
免疫印跡(Western印跡)
5.4 DNA測序和物理圖
Sanger鏈末端終止測序法
自動化DNA測序
高通量測序
限製圖
5.5 基於剋隆基因的蛋白質工程:定點誘變
5.6 圖譜定位與轉錄物定量
Northern印跡
S1核酸酶作圖
引物延伸法
截斷轉錄和無G盒轉錄
5.7 測定體內轉錄速率
細胞核連綴轉錄
報告基因轉錄
測定體內蛋白質積纍
5.8 分析DNA-蛋白質相互作用
濾膜結閤
凝膠阻滯
DNA酶足跡
DMS足跡法和其他足跡法
染色質免疫沉澱(ChIP)
5.9 蛋白質-蛋白質相互作用研究
5.10 尋找與其他分子相互作用的RNA序列
SELEX
功能SELEX
5.11 基因敲除和轉基因
基因敲除小鼠
轉基因小鼠
第Ⅲ部分 原核生物的轉錄
第6章 細菌的轉錄機製
6.1 RNA聚閤酶的結構
σ亞基是一種特異性因子
6.2 啓動子
RNA聚閤酶與啓動子的結閤
啓動子結構
6.3 轉錄起始
σ因子促進轉錄起始
σ因子的再利用
σ循環的隨機模型
啓動子處DNA的局部解鏈
啓動子清除
σ因子的結構和功能
α亞基在UP元件識彆中的功能
6.4 延伸
核心酶在延伸過程中的作用
延伸復閤體的結構
6.5 轉錄的終止
Rho非依賴型終止
Rho依賴型終止
第7章 操縱子:細菌轉錄的精細調控
7.1 lac操縱子
lac操縱子的負調控
操縱子的發現
阻遏物與操縱基因間的相互作用
阻遏機製
lac操縱子的正調控
CAP的作用機製
7.2 ara操縱子
ara操縱子的阻遏環
ara操縱子阻遏環的證據
araC的自主調節
7.3 trp操縱子
色氨酸在trp操縱子負調控中的作用
衰減作用對trp操縱子的調控
衰減作用的失效
7.4 核糖開關
第8章 細菌轉錄機製的主要轉換模式
8.1 σ因子的轉換
噬菌體感染
孢子形成
擁有多啓動子的基因
其他σ因子的轉換
抗σ因子
8.2 T7噬菌體所編碼的RNA聚閤酶
8.3 λ噬菌體對E.coli的感染
λ噬菌體的裂解繁殖
溶源態的建立
溶源期cI基因的自我調節
被λ噬菌體感染後寄主命運的決定:裂解或溶源
溶源菌的誘導
第9章 細菌中DNA-蛋白質的相互作用
9.1 λ阻遏物傢族
利用定點突變探測結閤的專一性
λ阻遏物-操縱基因相互作用的高分辨率分析
434噬菌體阻遏物-操縱基因相互作用的高分辨率分析
9.2 trp阻遏物
色氨酸的作用
9.3 對蛋白質-DNA相互作用的一般性認識
四個不同堿基對的氫鍵形成能力
多聚DNA結閤蛋白的重要性
9.4 DNA結閤蛋白:遠程作用
Gal操縱子
重復的λ操縱基因
增強子
第Ⅳ部分 真核生物的轉錄
第10章 真核生物的RNA聚閤酶及其啓動子
10.1 真核生物RNA聚閤酶的多種形式
三類細胞核聚閤酶的分離
三類RNA聚閤酶的作用
RNA聚閤酶亞基結構
10.2 啓動子
Ⅱ類啓動子
Ⅰ類啓動子
Ⅲ類啓動子
10.3 增強子與沉默子
增強子
沉默子
第11章 真核生物中的通用轉錄因子
11.1 Ⅱ類因子
Ⅱ類預起始復閤物
TFIID的結構和功能
TFIIB的結構和功能
TFIIH的結構和功能
中介物復閤體和RNA聚閤酶Ⅱ全酶
延伸因子
11.2 I類因子
核心結閤因子
UPE結閤因子
SL1的結構和功能
11.3 Ⅲ類因子
TFIIIA
TFIIIB和TFIIIC
TBP的作用
第12章 真核生物的轉錄激活因子
12.1 激活因子的類型
DNA結閤域
轉錄激活域
12.2 激活因子DNA結閤模體的結構
鋅指結構
GAL4蛋白
細胞核受體
同源異型域
亮氨酸拉鏈和螺鏇-環-螺鏇域
12.3 激活因子各功能域的獨立性
12.4 激活因子的功能
TFIID的募集作用
聚閤酶全酶的募集
12.5 激活因子間的相互作用
二聚化作用
遠程作用
轉錄工廠
復閤增強子
結構轉錄因子
增強體
絕緣子
12.6 轉錄因子的調控
輔激活因子
激活因子的泛素化
激活因子的SUMO修飾
激活因子的乙酰化
信號轉導途徑
第13章 染色質結構及其對基因轉錄的影響
13.1 染色質結構
組蛋白
核小體
30nm縴絲
染色質摺疊的更高級結構
13.2 染色質結構與基因活性
組蛋白對Ⅱ類基因轉錄的影響
核小體定位
組蛋白乙酰化
組蛋白去乙酰化
染色質重建
異染色質與沉默
核小體與轉錄的延伸
第Ⅴ部分 轉錄後加工
第14章 RNA加工I:剪接
14.1 斷裂基因
有關斷裂基因的證據
RNA剪接
……
第Ⅶ部分 DNA復製、重組和轉座
第Ⅷ部分 基因組
精彩書摘
轉錄抑製劑如(無配體核受體和Mad—Max)結閤到DNA位點上,並與NCoR/SMRT、SIN3等輔阻遏物相互作用,然後與組蛋白脫酰酶(如HDAC1和HDAC2)結閤。這種三元蛋白復閤體的裝配使組蛋白脫酰酶更接近鄰近的核小體。核心組蛋白的去乙酰化使組蛋白的堿性尾緊密結閤到附近核小體的DNA和組蛋白上,穩定核小體,抑製轉錄。
許多真核基因的激活需要染色質重建。幾種不同的蛋白質復閤體執行這一重建任務,它們都有ATPase活性,可以控製ATP水解,為染色質重建提供能量。依據ATPase組分的不同可區分重建復閤體。其中兩個研究最清楚的復閤體是SWI/SNF和ISWI。哺乳動物的SWI/SNF復閤體以BRG1為其ATPase,還有9~12個BRG1-相關因子(BAF)。其中一個高度保守的BAF叫做BAF155或BAF170,它具有負責組蛋白結閤的SANT結構域,可幫助SWI/SNF結閤到核小體上。重建復閤體的ISWI傢族具有SANT結構域和另一個叫做SLIDE的結構域,SLIDE結構域可能參與DNA結閤。
對染色質重建機製的細節還不清楚,但確實涉及核小體的移動,伴隨DNA與核心組蛋白間連接的鬆弛。與核小體中非催化DNA的暴露,或核小體沿一段DNA簡單滑行不同,被催化核小體的重建涉及與核心組蛋白對應的核小體DNA不同構象的形成。
ChIP分析可以揭示在激活期間與基因結閤的蛋白質因子的順序。酵母HO基因活化時,首先結閤的是Swi5,接著是SWI/SNF和SAGA,後者含有HATGcn5p,然後是通用轉錄因子和其他蛋白質。因此,染色質重建位於該基因激活的第一步,但是不同基因的蛋白質結閤順序也不盡相同。
……
前言/序言
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