化學圖文設計與分子模擬計算 下載 mobi epub pdf 電子書 2024

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編輯推薦

　　《化學圖文設計與分子模擬計算》可作為化學及相關專業高年級本科生、研究生的教材和化學專業教師及有關研究人員的參考書，也可作為相關軟件的使用參考書。

內容簡介

　　《化學圖文設計與分子模擬計算》以著名的桌麵化學辦公係統軟件ChemBioOffice2008和廣泛使用的量化計算軟件Gaussian03的使用為例，采用圖形界麵與文字敘述相對照的方式，詳細介紹瞭化學圖文設計和分子模擬計算的方法。內容包括：計算機化學及化學模擬的概念與方法；ChemSketch化學圖文繪製技巧；ChemBioDraw化學生物繪圖工具的使用方法、結構查詢、結構與性質計算；ChemBio3D結構模型構建、修改、顯示與輸齣的方法和技巧；ChemBio3D中量子化學接口軟件(MOPAC、Gaussian、Jaguar等)在分子模擬計算中的應用；Gaussian03輸入文件的編製、計算作業的運行、計算結果的觀察等方法；利用GaussView4．1創建、設置、運行與觀察Gaussian輸入／輸齣文件的方法。書中采用眾多計算實例，介紹瞭單點能計算、幾何優化計算、頻率計算、高精度計算、化學反應路徑計算、激發態的計算和溶液中的模擬等計算方法和計算結果的查看。
　　本書可作為化學及相關專業高年級本科生、研究生的教材和化學專業教師及有關研究人員的參考書，也可作為相關軟件的使用參考書。

內頁插圖

目錄

第1章 計算機與化學
1.1 計算機與化學
1.1.1 計算機化學
1.1.2 計算化學
1.1.3 理論化學
1.1.4 量子化學
1.2 計算機化學的發展
1.3 我國計算（機）化學的發展概況
1.4 分子模擬與量化計算簡介
1.4.1 分子模擬的意義
1.4.2 分子模擬的一般過程
1.4.3 分子模型的構建
1.4.4 分子模擬的方法
1.5 常用化學軟件簡介
1.5.1 化學圖文設計軟件
1.5.2 計算化學與分子模擬軟件
1.5.3 化學數據庫
1.5.4 圖譜解析軟件
1.5.5 數據處理軟件
1.5.6 文獻管理軟件
1.6 計算化學應用
1.7 計算機化學的學習方法
1.8 相關網站及參考書

第2章 ChemSketch的使用
2.1 ChemSketch概述
2.1.1 主要功能
2.1.2 軟件界麵
2.2 結構模式
2.2.1 常用工具與快捷按鈕
2.2.2 基本操作
2.2.3 高級操作
2.2.4 二維優化
2.2.5 三維優化
2.2.6 模闆的應用
2.2.7 模闆的管理
2.3 繪圖模式
2.3.1 常用工具與快捷按鈕
2.3.2 反應能量圖
2.3.3 原子軌道圖
2.3.4 實驗裝置圖
2.4 分子性質的預測

第3章 ChemBioDraw的使用
3.1 ChemBioDraw概述
3.1.1 版本介紹
3.1.2 運行係統要求
3.1.3 新特性
3.2 ChemBioDraw工具欄與文檔
3.2.1 工具欄與窗口顯示
3.2.2 文檔操作
3.2.3 頁麵設置
3.3 ChemBioDraw操作實例
3.3.1 畫丙酮分子
3.3.2 使用環工具
3.3.3 畫反應式
3.3.4 畫中間體
3.3.5 使用碎片工具
3.3.6 畫多點配位結構
3.3.7 費歇爾投影式
3.3.8 畫透視圖
3.3.9 畫紐曼投影式
3.3.10 使用立體化學標記
3.3.11 使用模闆
3.4 結構式的基本畫法
3.4.1 選擇對象
3.4.2 化學鍵
3.4.3 環
3.4.4 脂肪鏈
3.4.5 畫DNA、RNA序列
3.4.6 展開標簽與壓縮標簽
3.4.7 說明文本與原子標注
3.5 結構式的高級技法
3.5.1 連接對象
3.5.2 組閤對象
3.5.3 反映結構
3.5.4 整理結構
3.5.5 原子編號
3.5.6 使用模闆
3.5.7 定義彆名
3.5.8 三維預覽
3.6 查詢結構
3.6.1 原子屬性
3.6.2 鍵屬性
3.6.3 通用彆名
3.6.4 列錶元素
3.6.5 聚閤物錶示法
3.6.6 替換基團
3.6.7 展開查詢結構
3.6.8 反應映射圖
3.7 結構與性質
3.7.1 檢查結構
3.7.2 分析窗口
3.7.3 估算化學性質
3.7.4 體化學性質
3.7.5 化學計量網格
3.7.6 從結構到命名
3.7.7 從命名到結構
3.7.8 估算NMR的化學位移
3.8 繪圖工具的使用
3.8.1 軌道工具
3.8.2 化學符號工具
3.8.3 箭頭與麯綫工具
3.8.4 基本繪圖工具
3.8.5 括號工具
3.8.6 TLC工具
3.8.7 生物繪圖工具

第4章 ChemBio3D的使用
4.1 ChemBio3D簡介
4.1.1 版本介紹
4.1.2 量化程序接口
4.1.3 新特性
4.2 ChemBio3D基礎
4.2.1 ChemBio3D主界麵
4.2.2 菜單命令
4.2.3 工具欄
4.3 ChemBio3D實例
4.3.1 熟悉ChemDraw麵闆
4.3.2 使用畫鍵工具和鏇轉工具
4.3.3 使用文本工具
4.3.4 分析乙烷的構象
4.3.5 使用二麵角驅動器
4.3.6 重疊模型
4.3.7 對接模型
4.3.8 HOMO和LUMO軌道
4.3.9 繪製錶麵圖
4.3.10 局部電荷
4.4 模型的創建
4.4.1 設置構建模型的選項
4.4.2 使用鍵工具建模
4.4.3 使用ChemDraw麵闆
4.4.4 使用文本工具建模
4.4.5 使用坐標錶建模
4.4.6 模型坐標
4.4.7 參數錶與測量錶
4.5 模型的修改
4.5.1 選擇對象
4.5.2 改變元素
4.5.3 改變鍵級
4.5.4 添加分子碎片
4.5.5 使用測量錶
4.5.6 設置電荷
4.5.7 原子編號
4.5.8 改變立體化學構型
4.5.9 優化模型
4.5.10 顯示和隱藏原子
4.5.11 移動模型
4.5.12 鏇轉模型
4.5.13 改變模型大小
4.6 模型的顯示
4.6.1 結構顯示
4.6.2 分子錶麵顯示
4.6.3 彈齣信息
4.6.4 查看測量錶
4.6.5 查看原子屬性錶
4.6.6 查看分子內坐標錶
4.6.7 查看笛卡兒坐標錶
4.6.8 模型瀏覽器
4.6.9 結構瀏覽器
4.6.10 偏離平麵
4.7 模型的輸齣
4.7.1 打印與保存
4.7.2 復製與封裝
4.8 分子模擬入門
4.8.1 計算方法概述
4.8.2 分子力學理論
4.8.3 分子動力學模擬
4.9 MOPAC計算接口
4.9.1 計算實例
4.9.2 能量最小化
4.9.3 優化到過渡態
4.9.4 選擇方法
4.9.5 計算性質
4.9.6 文件管理
4.10 Gaussian計算接口
4.10.1 Gaussian接口
4.10.2 能量最小化計算
4.10.3 優化到過渡態
4.10.4 計算性質
4.10.5 創建輸入文件
4.10.6 運行輸入文件
4.10.7 查看輸齣結果

第5章 Gaussian的使用
5.1 Gaussian概述
5.1.1 軟、硬件要求
5.1.2 硬盤分區方案
5.1.3 安裝軟件
5.1.4 指定Scratch文件目錄
5.1.5 設置內存和硬盤空間
5.1.6 Gaussian03的鏈接
5.2 啓動Gaussian程序
5.2.1 啓動程序
5.2.2 工作環境初始化設置
5.3 創建Gaussian輸入文件
5.3.1 使用GO3W創建
5.3.2 使用ChemBio3D創建
5.3.3 使用GaussView創建
5.3.4 使用文本編輯器
5.4 執行Gaussian計算作業
5.4.1 在GO3w中運行
5.4.2 在ChemBio3D中運行
5.4.3 在GaussView中運行
5.5 查看Gaussian計算結果
5.5.1 用文本編輯器查看
5.5.2 用GaussView顯示分子的振光譜和NMR譜
5.5.3 用HyperChem進行簡振模式分析
5.5.4 用ChemBio3D顯示計算結果
5.6 運用Gaussian的基本技巧
5.6.1 [Utilities]菜單命
5.6.2 配閤使用的輔助軟件
5.6.3 輔助軟件聯用
5.7 Gaussian應用實例
5.7.1 單點能計算
5.7.2 幾何優化
5.7.3 頻率計算
5.7.4 高精度計算
5.7.5 化學反應研究
5.7.6 激發態計算
5.7.7 溶液中的反應

第6章 GaussView的使用
6.1 GaussView基礎
6.1.1 分子集、模型和視圖
6.1.2 菜單命令與工具欄
6.1.3 GaussView參數選擇
6.2 構建分子
6.2.1 使用工具麵闆
6.2.2 構建分子實例
6.2.3 查看與調整結構參數
6.2.4 高級構建功能
6.3 顯示與保存分子視圖
6.3.1 管理分子視圖
6.3.2 文件操作
6.3.3 打印及保存圖片
6.3.4 指定默認文件位置
6.4 創建Gaussian作業
6.4.1 計算設置麵闆
6，4.2 設置特殊任務
6.4.3 為作業設置默認值
6.4.4 快速運行作業
6.4.5 觀察和控製計算
6.4.6 指定如何運行CO3w
6.5 查看Gaussian結果
6.5.1 顯示結果數據摘要
6.5.2 顯示原子電荷
6.5.3 顯示錶麵和等高綫
6.5.4 顯示振動模式及光譜
6.5.5 顯示NMR光譜
6.5.6 顯示紫外可見光譜
6.5.7 查看其他圖形
附錄 能量單位

精彩書摘

　　第1章　計算機與化學
　　計算機及網絡技術的應用現已深入到化學研究的各個領域，使傳統化學研究的手段和方法發生瞭深刻的變化。如今的化學研究已由純實驗科學，演變為先實驗再計算、邊實驗邊計算，直至成為先理論計算再實驗驗證、實驗研究與理論計算相結閤的全新科學研究模式，逐步形成瞭專門研究計算機技術在化學及其相關領域中應用的分支學科——計算機化學與化學模擬。
　　1.1計算機與化學
　　自20世紀80年代DOS操作係統問世以來，尤其是90年代中期Windows操作係統的誕生，加上計算機硬件技術的飛速發展，整個計算機係統得到瞭空前的完善，人類社會的生活方式也發生瞭革命性變化，互聯網把整個世界連成一體，計算機不再是少數高級專門研究人員的特殊工具，已成為普通人群必不可少的工作平颱。目前，化學研究人員可以在計算機上方便地開展研究工作，從而誕生瞭與計算機相關的眾多化學分支學科，促進瞭研究手段、研究方法的不斷更新和完善，並逐步産生瞭一些新的名詞和術語，如計算機化學、計算化學、化學信息學、化學數據庫等。
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前言/序言

　　近十年來，計算機技術在化學化工領域得到瞭廣泛的應用，計算（機）化學的發展呈現齣蓬勃發展的喜人前景。近年來齣版瞭不少計算機化學方麵的教材和參考書，但大多側重於與數學密切相關的數值計算方法的介紹。計算機圖形接口技術的廣泛應用，使得化學結構與圖文處理變得如此方便，尤其是大型桌麵化學辦公係統軟件ChemOffice版本的不斷更新與升級，量化模擬計算軟件功能的不斷完善，使得我們可以在計算機上輕鬆地完成許多以往在實驗室纔能完成或要通過大量編程纔能完成的工作。化學及相關專業學生的計算機應用能力的培養是多方麵的，熟悉並掌握一些常用化學軟件的使用，是其計算機應用能力的一個重要方麵，是進行畢業設計與撰寫畢業論文的重要基礎。此外，計算機化學模擬是近年來化學、生物及材料研究中十分活躍的領域，未來的化學研究很大程度上需要理論計算的輔助支撐，熟悉並掌握化學模擬計算的一般方法，對於化學工作者來說，也是一種十分必要的知識儲備。
　　本書是為理工科院校化學化工及其相關專業高年級本科生和研究生編寫的，旨在通過本課程的學習，使學生初步掌握化學及相關領域常用軟件的使用技巧，具備從事科學研究的化學圖文設計能力和初步的分子模擬計算能力。本書以最新版桌麵化學辦公係統軟件仁ChemBioOffice2008及量化計算軟件包Gaussian03為載體，以化學結構為基礎，以結構－性質－模擬計算為主綫，通過大量實例和上機操作練習，詳細介紹瞭化學圖文設計與分子模擬計算的一般方法，使讀者對計算（機）化學及分子模擬計算有一個初步瞭解，為進一步的深入學習打下基礎。本書既可作為係統學習的教材，也可作為相關軟件的使用手冊備查，是化學工作者的重要參考書。

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上課需要用到的書，買來看看

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還行，教科書。至少不用跑到書店。

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整體適閤入門級的童鞋看看，屬於還不錯的教學類書籍

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化學圖文設計與分子模擬計算，上課用

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書很不錯，內容很全麵！

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一般般的書，在正式齣版的書中算好的瞭。不過還是去網上找一些手冊教程，會詳細的多

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