晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南（附光盤1張） [Crystal Structure Refinement:A Crystallographers Guide to SHELXL] 下載 mobi epub pdf 電子書 2024

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編輯推薦

　　SHELXL是目前國際上使用最廣泛的結構精修程序，不僅功能比較強大，而且使用比較方便。《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南)》既是一本麵嚮晶體學者的SHELXL軟件指南，也是一本教科書。它涵蓋瞭大量晶體結構精修中可能遇到的難題，一步一步展示晶體結構精修的方方麵麵，並通過示例文件和詳細講解說明問題、闡述機理。隨書光盤提供瞭重現這些精修過程需要的所有文件，方便讀者自行練習和對照。
　　對於具有初步×射綫晶體結構測定基礎、能運行相關軟件的入門者，《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南》是一本非常優秀的教材；即使對於多年從事晶體結構解析的專傢，《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南》也有很好的參考價值。

內容簡介

　　《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南》詳細介紹瞭晶體結構精修中的常見問題及其處理技巧，采用具體示例的方式加以說明。《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南》使用晶體學領域內享有盛譽並廣泛使用的精修軟件——SHELXL。對小分子晶體結構精修中的加氫、原子類型指定、無序、贋對稱、孿晶、贋像等方麵進行瞭闡述，討論瞭小分子晶體結構驗證的必要性和手段，同時對蛋白質等生物大分子的精修和結構驗證也進行瞭概述。書中每個示例的原始數據和各步精修操作的結果文件均附於隨書光盤，方便讀者自行練習使用。《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南》有助於促進對晶體結構精修知識的理解和運用，掌握先進的結構解析工具，提高晶體結構測定的技術水平。《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南》可以作為具有初步x射綫晶體結構測定基礎、能運行相關軟件的入門者的進修教材，也可以作為相關研究人員的參考書。

作者簡介

　　Peter MuIler，在德國哥廷根大學George Sheldrick教授（SHEL×程序包的作者）課題組獲得瞭化學與晶體學碩士和博士學位，目前是美國麻省理工學院化學係X射綫衍射室主任和首席研究員。長期教授基礎晶體學和高級晶體學（包括理論和實驗）課程。另外，近幾年他還在美國與德國舉辦過多個結構精修講習班。
　　Regine Herbst-Irmer，著名的孿晶研究專傢，1 990年在George SHeldrick教授指導下取得瞭博士學位。目前她和Sheldrick一起工作於德國哥廷根大學，擔任晶體學高級講師並負責師資培訓事務。
　　Anthony L.Spek，荷蘭烏得勒支大學教授，畢吉伯生物分子研究中心國傢單晶服務設施部主任。多年從事晶體學教學工作，緻力於發展晶體學軟件和研究單晶結構自動驗證、孿晶、對稱性缺失和贋對稱等問題，是廣泛用於結構有效性驗證的PLATON軟件的作者。

內頁插圖

目錄

1 SHELXL
1.1 SHELX程序包
1.1.1 SHELXTL和其他程序
1.2 SHELXL
1.2.1 程序組成
1.2.2 指令文件name.ins
1.2.3 衍射數據文件name.hkl
1.2.4 SHELXL中的數據閤並
1.2.5 連通性錶

2 晶體結構精修
2.1 最小二乘精修
2.1.1 精修應基於F還是F2——這會成為問題嗎？
2.2 弱數據點和高分辨率截斷
2.3 殘差因子
2.4 參數
2.5 約束
2.5.1 位置占有率因子
2.5.2 特殊位置約束
2.5.3 剛性基團約束
2.5.4 浮動原點約束
2.5.5 氫原子
2.5.6 SHELXL中的約束用法
2.6 限製
2.6.1 幾何限製
2.6.2 位移參數的限製
2.6.3 其他限製
2.7 SHELXL中的自由變量
2.8 結果
2.8.1 鍵長和鍵角
2.8.2 扭轉角
2.8.3 共麵原子
2.8.4 氫鍵
2.8.5 RTAB指令
2.8.6 MORE指令
2.8.7 cif文件
2.9 精修問題

3 氫原子
3.1 氫原子的x-H鍵長和UEQ數值
3.2 與不同類型原子成鍵的氫
3.2.1 與碳原子成鍵的氫
3.2.2 與氮或氧成鍵的氫
3.2.3 與金屬成鍵的氫
3.3 在SHELXL中定位氫原子
3.3.1 HFIX指令中最常用的m和n取值列錶
3.3.2 酸性氫原子的準自由精修
3.4 XHELXL中的氫鍵信息
3.5 示例
3.5.1 常規氫原子定位操作：C31H54MoN202
3.5.2 zr基氫化物中的氫原子
3.5.3 酸性氫原子和氫鍵

4 原子類型的指定
4.1 電子皆“藍色
4.2 化學知識
4.3 晶體學知識
4.4 示例
4.4.1 四聯.1 nCl3——N還是O？
4.4.2 鈷基化閤物
4.4.3 搞混的中心金屬原子

5 無序
5.1 無序類型
5.1.1 置換無序
5.1.2 位置無序
5.1.3 混亂——一種特殊的無序
5.2 無序的精修
5.2.1 用SHELXL精修無序
5.3 示例
5.3.1 鎵亞胺基矽酸鹽——兩乙基無序
5.3.2 Ti（Ⅲ）基化閤物的無序
5.3.3 按占據無序處理的共晶
5.3.4 溶劑分子無序
5.3.5 結構中三種無序共存——環正聚四苯撐

6 贋對稱
6.1 全局贋對稱性
6.2 真正NCS
6.3 示例
6.3.1 Pn還是P21／n
6.3.2 [si（NH2）2cH（siMe3）2]2：Pl，z=12

7 孿晶
7.1 孿晶的定義
7.2 孿晶的分類
7.2.1 缺麵孿晶
7.2.2 贋缺麵孿晶
7.2.3 交錯缺麵孿晶
7.2.4 非缺麵孿晶
7.3 孿晶檢驗
7.4 結構解析
7.5 孿晶精修
7.6 絕對結構確定
7.7 孿晶的警示
7.8 示例
7.8.1 缺麵孿晶
7.8.2 贋缺麵孿晶的一個示例
7.8.3 交錯缺麵孿晶的第一個示例
7.8.4 交錯缺麵孿晶的第二個示例
7.8.5 非缺麵孿晶的第一個示例
7.8.6 非缺麵孿晶的第二個示例
7.9 結論

8 贋像
8.1 什麼是贋像？
8.1.1 振動
8.1.2 縮短的三重鍵
8.1.3 氫原子位置
8.1.4 傅裏葉截斷誤差
8.2 什麼是非贋像？
8.3 示例
8.3.1 c30H47N9zr5中的傅裏葉截斷誤差

9 結構驗證
9.1 驗證
9.2 PLATON有效性測試
9.2.1 對稱缺失
9.2.2 孔隙
9.2.3 位移橢球
9.2.4 鍵長和鍵角
9.2.5 原子類型指定
9.2.6 分子間接觸
9.2.7 氫鍵
9.2.8 連通性
9.2.9 無序
9.2.1 0衍射數據
9.2.1 1精修參數結果
9.3 何時開始驗證？
9.4 結束語

10 蛋白質精修
10.1 原子分辨率精修與標準精修的對比
10.11 各嚮異性位移參數
……
11 蛋白質結構的（交叉）驗證
12 總論
參考文獻
進階讀物
索引
光盤文件勘誤說明

精彩書摘

　　3.3 在SHELXL中定位氫原子
　　實際SHELxL精修中x-H鍵長和H-x-H鍵角一般通過約束條件指定。SHELXL簡化瞭氫原子位置的確定：除瞭可以生成正確的氫原子位置外，HFIX指令還能對任何指定的c-H以及其他大多數的X-H産生各種必要的約束條件。HFIX指令的一般語法如下：HFIX mn atomnamesm錶示幾何位置，確定瞭所要生成的氫原子數目。n則指明程序如何處理氫原子或者原子，後者由原子名稱（atomnames）指定。HFIX可以計算閤適的氫原子位置，生成這些氫原子並且正確地加人結閤這些待定氫原子一起進行的精修所必需的AFIX約束（關於AFIX指令的全麵介紹參見第二章）。在.res文件中，新加入的氫原子位於“AFIX mn”行之後，並且其後緊跟著“AFIX 0”行代錶這個氫原子區段的結束。新加入的氫原子的各嚮同性u值由程序自動設為1.2（對甲基則是1.5）。SHELXL可以根據.ins文件指定的溫度（溫度值放在TEMP命令後，以攝氏度為單位）確定閤適的x-H鍵長。因此指定晶體數據收集的溫度十分重要。
　　在大多數情況下，n取值為3，用於形容“騎式模型”。這種模型將氫原子看作騎馬的人，而非氫原子就是那匹“馬”。當精修中非氫原子移動時，氫原子相應跟著移動，好比當馬走路的時候，馬上的人也跟著馬一起移動（假設這個人不會從這匹動物的身上掉下來）。其他經常用於氫原子精修的n值是7和8，兩者也錶示騎式模型，但是具有額外的自由度（參見下麵介紹）。
　　3.3.1 HFIX指令中最常用的m和n取值列錶
　　關於AFIX限製中m和n所有允許取值的有效組閤，SHELX用戶手冊給齣瞭全麵、清晰並完整的介紹。下麵僅羅列瞭藉助HFIX指令生成氫原子的m和n取值中最常見的九種組閤，不算是對這類組閤的完整介紹。HFIX 13 理想叔氫（C-H）基團，所有X-C-H角度相等，隨後以騎式模型（riding model）精修。HFIX23理想仲氫（CH2）基團，所有X-C-H和Y-c-H的角度相等，以騎式模型精修。H-C-H根據相應正四麵體進行計算，如果X-C-Y偏離正四麵體分布，該角度將被加寬。HFIX 33理想正四麵體分布的CH，基團，以騎式模型精修。

前言/序言

　　SHELX簡史
　　5000行FORTRAN程序代碼構成的SHlELX-76起源於1970年左右劍橋大學ICL Titan計算機被IBM-370計算機代替的時候。早期我嘗試用Titan Auto-code（一種簡單卻有效的，比現代高級程序語言更偏嚮匯編語言的編程語言）編寫程序，而隨著IBM計算機的到來，齣現瞭兩個主要的革新：FOR FRAN編譯器和穿孔卡片。我被迫將有關晶體學最小二乘精修的首個作品N0sQuAR：ES程序用另一種程序語言重寫，而這是完善它的一個好機會。不過由於我懶於閱讀FORTRAN手冊或者參加相關培訓，所以我用FORTRAN一個非常簡單的子集重寫瞭這個程序，得到瞭原Titan Autocode代碼編寫的程序的一個“古怪”類似物，並且取消瞭不利於移植到彆的計算機的性能，以便我不用再為瞭運行於其他計算機而重寫這個程序。這種做法的好處是代碼高效，這點對當時主流計算機有限的計算和存取速度（約是現代計算機的萬分之一）來說是非常重要的。實際上SHELX-76在幾乎所有的現代FORTRAN-95編譯器中仍然能夠編譯並且運行正確。
　　當時我自認是屬於喜歡應用各種物理方法的無機化學傢。我的博士論文題目就是《無機氫化物的NMR研究》（導師Evelyn Ebsworth）。當我1978年進入格奧格一奧古斯特一哥廷根大學（即哥廷根大學）後，我發現我的德國同事們比起我來是多麼更擅長於“烹飪”（製備化學）。我覺得自己圍繞晶體結構解析展開工作將更好，因為當時他們迫切需要錶徵他們自己閤成的所有化閤物。
　　20世紀60年代，我們擅長使用的結構確定方法之一是氣相電子衍射，它可以用於確定相當不穩定的，具有與空氣接觸就爆炸的特性的-SIH，衍生物的結構。使用這種方法需要先在劍橋大學閤成樣品並帶到格拉斯哥大學，再到曼徹斯特的UMIST。在那裏Durward cruickshank擁有國內唯一的可運轉的氣相電子衍射儀器。在一次訪問中，我嚮Durward提到我將需要做些x射綫晶體學的工作，因為不是我們所有的樣品都具有足夠的揮發性從而可以在氣相中確定結構的。並且提到我找到瞭一颱x射綫發生器和一颱魏森堡相機，但是仍然需要為’Fitan電腦寫一個閤適的Autocode程序來分析得到的數據。Durward非常友善地提供瞭一些關於最小二乘精修的意見。
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有很多實例, 但精通需要多練. 適閤研究生和研究人員

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　　對於具有初步×射綫晶體結構測定基礎、能運行相關軟件的入門者，《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南》是一本非常優秀的教材；即使對於多年從事晶體結構解析的專傢，《晶體結構精修：晶體學者的SHELXL軟件指南》也有很好的參考價值。

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挺好的，有光盤，慢慢學習！

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書籍的紙質很好，印刷清晰，內容很好，我很喜歡！

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作者是SHELXTL軟件的編者之一，當時他是Sheldrick教授的博士。

評分☆☆☆☆☆

喜歡這本書，牛人推薦的書，理論上應該很不錯

評分☆☆☆☆☆

書很好，是正品，晶體初學者必備。

評分☆☆☆☆☆

講的容易理解，覆蓋瞭較多難題

評分☆☆☆☆☆

通嚮解析單晶更高層次的必備良書

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