生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南 pdf epub mobi txt 电子书 下载 2025

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[法] H.蒂勒门特，M.齐维，C.达默韦尔 等 编，沈世华 译

图书标签:

• 植物蛋白质组学
• 蛋白质组学
• 生命科学
• 实验指南
• 植物科学
• 生物技术
• 分子生物学
• 组学研究
• 实验技术
• 科研方法

出版社： 科学出版社

ISBN：9787030364609

版次：1

商品编码：11183472

包装：平装

开本：16开

出版时间：2013-01-01

页数：336

正文语种：中文

编辑推荐

　　《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》是国际上一本有关植物蛋白质组学研究的实验方法和操作手册，比较全面的编写了06年前包括不同植物组织器官蛋白质提取方法、不同蛋白质样品的不同解析方式等，在植物蛋白质组学实验和研究过程中具有较大实用价值。

内容简介

　　《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》由国际植物蛋白质组学研究领域的数位专家合作编写而成，系统介绍了植物细胞总蛋白、细胞器蛋白的分离提取，蛋白质的修饰，经典的蛋白质双向电泳、质谱技术等植物蛋白质组学研究的常用技术方法。对实验流程的描述简洁易懂，并配有实例，同时对关键步骤做了特别注释，无论对教学还是科研都有很高的参考价值。

作者简介

　　沈世华，中国科学院植物研究所研究员，博士生导师。兼任中国科学院唐山高新技术研发与转化中心工程植物事业部部长，中国植物生理学会植物生物质与生物能源专业委员会委员。

目录

前言
第1章 三氯乙酸 丙酮法提取植物全蛋白
第2章 顽拗性植物组织的蛋白质组学研究：苯酚法提取蛋白质
第3章 谷类植物种子蛋白质提取
第4章 木质部和韧皮部汁液蛋白质提取
第5章 木本植物蛋白质提取
第6章 拟南芥叶绿体蛋白质组学分析
第7章 植物线粒体制备及其亚结构分级分离
第8章 根分生细胞核蛋白质提取
第9章 核蛋白提取
第10章 紫花苜蓿茎细胞壁蛋白质提取
第11章 植物质膜蛋白的提取和溶解
第12章 双向电泳前去垢剂和离液剂对蛋白质的增溶作用
第13章 植物蛋白质组学中的双向电泳技术
第14章 双向凝胶荧光染色与成像
第15章 番茄叶和根二维差异凝胶电泳（DIGE）
第16章 二维凝胶的定量分析
第17章 蛋白质组数据的多元分析
第18章 2D凝胶的蛋白Edman测序
第19章 肽质量指纹图谱——MALDI TOF法鉴定蛋白质
第20章 利用纳升级液相色谱 串联质谱进行蛋白质鉴定
第21章 水稻叶片和根蛋白质的纳升级二维液相色谱串联质谱
第22章 膜蛋白的分离、鉴定及其功能分析——GFC/IEC/SDS PAGE和MALDI TOF MS方法
第23章 2 DE蛋白质组学的PROTICdb数据库
第24章 磷酸化蛋白鉴定
第25章 植物蛋白质组学和糖基化
第26章 鉴定分析植物蛋白复合物的蓝绿非变性凝胶电泳
第27章 完整蛋白质从SDS PAGE胶中的电洗脱及其MALDI TOF MS分析
第28章 植物蛋白芯片的构建和抗原 抗体相互作用的研究
第29章 利用植物蛋白质芯片研究蛋白磷酸化
索引

精彩书摘

　　正如所有的亚细胞的蛋白质组学研究，提取细胞壁蛋白质组的关键因素是提取的蛋白质片段不能被来自细胞其他部位的蛋白质污染。通常情况下用两种方法来分离细胞壁细胞壁的蛋白质。非破裂和破裂蛋白质提取两种方法各自有其优缺点，特别是有关蛋白质污染和改进当前的提取方法。第二个重要方面是多糖多酚类污染物的清除，它们在双向电泳中产生不良作用。过去，细胞培养为细胞壁蛋白质的提取提供了均一并且相对“干净”的组织来源。虽然分化的组织在生物学研究上相关性更强，但是研究起来更加复杂和困难，目前对于这些组织的大规模的蛋白质组的成果相对比较新。本章简单总结现有细胞壁蛋白质提取方法并且描述一种从紫花苜蓿茎中提取细胞壁蛋白质的具体方法。
　　提取细胞壁蛋白质最古老和温和的方法可能包括在适当的溶液悬浮或者洗涤直接从完整的培养细胞提取。史密斯等［1］把番茄的悬浮细胞用CaCl2浓度梯度洗涤出伸展蛋白的前体流入小柱子。Scott和O’Neil［2］从胡萝卜悬浮细胞中通过用不同浓度的含有CaCl2、TritonX100和0.1mol/LLiCl的溶液提取胞外蛋白。在0.1%TritonX100或0.1mol/LCaCl2中萃取后的悬浮细胞可以再重新回到同样的培养液中生长。
　　从5种植物体中提取只含有初生细胞壁的蛋白质［3］是分离和鉴定大量细胞壁蛋白质的尝试之一。通过过滤收集细胞，通过在5种不同的缓冲液中搅拌细胞提取蛋白质。缓冲液包含0.2mol/LCaCl2、50mmol/LCDTA、50mmol/L乙酸钠（pH6.5）、2mmol/L的二硫苏糖醇、1mol/LNaCl和0.2mol/L硼酸，pH7.5，缓冲液用于后续和非后续的提取体系。Blee等［4］采用了同时具有初生细胞壁和次生细胞壁的转化了的烟草的悬浮细胞系作为活细胞直接提取总蛋白的来源。蛋白质提取用0.2mol/LCaCl2、50mmol/LCDTA。
　　这个方法的改进后则是用真空透析的原生质体［5］或整个植物组织［6，7］来洗涤非原生质体和细胞壁的蛋白质。这个方法包括一个灌输步骤借助盐溶液或其他的溶液通过温和降低压力从而进入细胞间隙。Roger等［5］用1mol/LNaCl和0.4mol/LCaCl2来透析来自于纤维植物下胚轴的固定原生质体，并通过离心和过滤收集非原生质体。马铃薯块茎中的非原生质体通过含有0.6mol/L的NaCl透析组织获得，然后，离心收集提取物［6］），已使用这种方法收集叶片中的汁液，这种方法采用含20mmol/L抗坏血酸、20mmol/L氯化钙［7］的溶液。根汁液收集通过简单切割和离心组织收获分泌物非破坏性蛋白质提取方法的一个主要的缺点是，细胞壁蛋白质的产量通常较低。目前以基因组为基础的估算预测出数以百计的分泌蛋白［9］；然而只有这个数量的一小部分，在没有破坏的植物细胞壁的蛋白质研究中被发现。第二个缺点是质膜断裂的可能性将导致伴随细胞质和膜蛋白的细胞壁组分的污染。由于污染是一个巨大的障碍，因此确保细胞壁的纯度的方法应包括针对典型的污染蛋白质如检测标记酶的活性或Western杂交。
　　另一种从活细胞中洗脱细胞壁的蛋白质的方法是利用质膜的质壁分离使质膜萎缩脱离细胞壁。Borderies等［10］用活拟南芥悬浮培养细胞来提取细胞壁松散结合的蛋白质。培养物首先用50％甘油质壁分离，然后相继用不同的缓冲液提取。利用两种不同的提取体系——NaCl、EDTA、0.2mol/LCaCl2或NaCl、EDTA、2mol/LLiCl来优化方法并且减少提取处理所造成的膜渗透的问题。这些处理中的几个导致细胞壁蛋白污染上胞内蛋白，因此要利用透射电子显微镜来验证质膜的完整性。
　　破坏性蛋白质提取的方法是细胞壁蛋白提取的第二个主要途径，并且这个方法也应用了质壁分离。在用含有甘油和甘露醇的溶液处理拟南芥的悬浮细胞系后，将细胞通过一个N2破碎弹（disruptionbomb）。随后细胞碎片被恢复并且通过显微镜检查。从准备的细胞壁材料中用2%的十二烷基硫酸钠（SDS）提取蛋白质并用Western杂交分析污染的胞内蛋白。作为非破坏性的方法，污染是一个重大的问题，因此必须保证细胞壁的纯度。
　　在同一组发表的两篇文献中拟南芥悬浮细胞的匀浆液也被用来作为一个细胞壁蛋白质的来源［12，13］。在这两种情况下，细胞洗涤、过滤，并通过细胞破坏器。这些匀浆在甘油溶液中被分层并且通过重力沉淀后细胞壁组分被收集和洗涤。纯化的细胞壁由电子显微镜检查并且通过免疫荧光和免疫杂交检测污染的胞内或膜蛋白［12］。结果支持了作者的结论：细胞壁组分没有污染的蛋白质。在这两个文件中，细胞壁组分中的蛋白质先用0.2mol/L氯化钙提取然后用尿素缓冲液。
　　已经从挪威云杉木质部悬浮培养的活细胞中提取了细胞壁的蛋白质。通过在1mol/L氯化钠的缓冲液中孵育的方法将细胞壁蛋白质从经过过滤和洗涤的细胞中洗脱下来。分离的细胞进行匀浆，随之蛋白质被释放，但在离子作用下又与细胞壁结合，用1mol/LNace缓冲液进行提取洗脱以去除蛋白质得到完整的细胞壁。这些细胞壁经过分离、洗涤、匀浆并悬浮在提取缓冲液中。细胞壁经过冷冻干燥并且用混合纤维素酶/浸解酶处理来消化细胞壁，从而释放共价结合的细胞壁蛋白质。
　　传统上，从植物组织的细胞壁中提取的混合蛋白质用来分离单一蛋白质或某类特有蛋白质。举例来说，0.2mol/L氯化钙被用来从大豆种子的种皮提取富含羟脯氨酸的细胞壁糖蛋白（HPRG）［15］。同样，从大豆幼苗中分离出了HPRG［16］。细胞壁蛋白质用10％三氯乙酸（TCA）沉淀后，在余下的上清液中检测到了蛋白质。McQueenMason等从黄瓜幼苗的盐溶性细胞壁蛋白质中纯化出了与延伸相关的细胞壁蛋白质［17］。McDougall［18］用一个单一的木质部，从云杉压缩和未压缩的木材枝条细胞壁中分离出了差异表达的氧化酶。
　　在分化的植物组织中不常大规模开展细胞壁蛋白质组学研究，主要是由于蛋白质、多糖、多酚类污染物造成的局限性，本章描述的这种方法可用于大规模进行细胞壁蛋白质组学研究和在实验中总结的解决蛋白质污染的途径和经验（见注释）。详见该方法涉及细胞破碎，一系列的严格的清洗，以消除污染蛋白质，并且用氯化钙和氯化锂提取细胞壁蛋白质。为确保纯度实验步骤用Bradford实验和SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）凝胶检测。用一个清除试剂盒处理后，纯化后的蛋白质就可以准备用于双向电泳双向电泳分离。用这种方法从木质化紫花苜蓿（紫花苜蓿）茎细胞壁中分离得到了大量重复的各式各样蛋白质。这种方法减少了干扰一向和二向电泳的多糖和多酚物质，使得蛋白质准备样品中污染很少含有数只百计的蛋白质数量。蛋白质点可以很容易通过基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱（MALDITOFMS）或液相色谱（LC）/MS/MS的方法得到鉴定［19］。
　　该方法的一个缺点是明显地缺少一些往往在其他类型的细胞壁材料中能够检测到的蛋白质。这些包括高度糖基化蛋白和质膜蛋白（PM）。这些糖基化蛋白比其他细胞壁蛋白更易溶因此可能会在去除胞浆蛋白时的严格清洗而丢失［19］。质膜蛋白并不像其他蛋白质那样紧密结合细胞壁因此在严格的清洗条件下也同样丢失。这些蛋白质可以通过双向电泳浓缩和分离，也可以用补充的非破坏性的技术来分离它们。像其他细胞壁蛋白质的提取方法一样，此方法的要求是确保细胞壁都是无污染的。洗涤后需要用SDSPAGE或免疫杂交对标志性的酶进行检测以确定蛋白质提取物的纯度。
　　在此方法中选择的提取用盐溶液已被普遍用来洗脱细胞壁的蛋白质。通过离子交换，氯化钙与结合蛋白质进行交换使细胞壁蛋白释放出来［1］，它的交换能力比氯化钠更有效率［1］，与0.1％TritonX100相比，氯化钙能够从活体培养的细胞壁中释放更多的蛋白质［2］，并且广泛应用于从植物细胞壁中提取细胞壁蛋白质［15，7，10，12，13，16，18，19］。众所周知膜的完整性会被0.2mol/L氯化钙破坏［10］；因此，我们选择了用0.2mol/LCaCl2从破碎的组织中提取细胞壁蛋白质。
　　本章介绍的方法还利用了氯化锂氯化锂，一种常用的细胞壁蛋白萃取剂［10，20，21］。Voight［22］使用不等浓度的LiCl（0.1～8mol/L）处理衣藻细胞并且发现从所有细胞周期阶段提取细胞壁蛋白质的最佳浓度是2～4mol/L，超过4mol/LLiCl不会提取出更多的蛋白质。随着LiCl浓度的增加，更多的碳水化合物也伴随着蛋白质被提取出来。我们的方法在提取中使用3mol/LLiCl来提取更多量的不含有额外共萃取碳水化合物的蛋白质。
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前言/序言

好的，这是一本关于植物蛋白质组学实验指南的图书简介，内容详实，旨在提供一个全面且深入的实验操作参考，而不涉及您提到的具体书名或任何其他书目的内容。 --- 植物蛋白质组学研究：基础原理与实验技术全景解析 本书特色： 系统性与深度并重： 全面覆盖植物蛋白质组学从样品制备到数据解析的每一个关键环节，理论讲解深入浅出，技术指导具体详尽。 聚焦前沿技术： 详述基于高分辨质谱的蛋白质鉴定、定量及修饰分析的最新进展，特别关注如何应对植物样品中复杂的基质效应和低丰度蛋白的挑战。 实用性强： 丰富的实验方案、故障排除指南及数据分析流程，确保研究者能够高效、稳定地获取高质量的实验结果。 --- 第一部分：植物蛋白质组学的基石——理论与样品准备 本部分为植物蛋白质组学研究奠定坚实的基础，详细阐述了该领域的核心理论框架，并对至关重要的样品采集与预处理技术进行了深入探讨。 第一章：植物蛋白质组学概述与研究设计 1.1 蛋白质组学在现代植物科学中的定位：从基因组学到表型组学的桥梁。 1.2 区分定性、定量及功能性蛋白质组学的研究目标与方法学选择。 1.3 植物组织的选择、采样策略与生物学重复的设计原则：如何最大限度地减少实验误差和生物学变异。 1.4 蛋白质组学项目的数据管理、伦理考量与质量控制标准。 第二章：植物样品的采集、稳定与初步提取 2.1 快速失活与稳定技术： 探讨液氮速冻、化学固定剂（如PVP、蛋白酶抑制剂混合物）的使用时机与浓度优化，以抑制内源性酶活性。 2.2 细胞壁的有效破碎： 详细比较机械破碎（研磨、匀浆）、酶解法（如纤维素酶、果胶酶组合）和化学裂解法在不同植物组织（叶、根、种子、愈伤组织）中的适用性与效率。 2.3 初步分离与去污： 介绍如何去除高丰度干扰物质，如叶绿素、多糖和酚类化合物，优化后续纯化步骤。 第三章：高效的蛋白质提取与溶解方案 3.1 基于不同溶剂体系的提取： 比较温和裂解缓冲液（如RIPA）、强变性缓冲液（如尿素/硫脲体系）和两相提取法（Two-Phase Extraction）的优缺点。 3.2 两步法提取法（Two-Step Extraction）： 针对植物细胞器的分离策略，例如针对细胞质、细胞核或细胞器膜蛋白的特异性提取流程。 3.3 蛋白质的定量与质量评估： 采用Bradford、BCA和荧光法（如Pierce 660R）的准确性比较；SDS-PAGE初步分析纯度和分子量分布。 3.4 去除干扰物质的高级策略： 特别针对多糖和核酸的深度脱除技术（如过柱预处理）。 --- 第二部分：分离、富集与肽段制备 本部分专注于将复杂的蛋白质混合物转化为适合质谱分析的、高纯度的肽段样品。 第四章：蛋白质分离与预纯化技术 4.1 基于电泳的分离技术（2D-PAGE）： 详细解析等电聚焦（IEF）的优化参数（pH梯度选择、载胶准备、上样量），以及垂直/水平凝胶电泳的分离原理与操作细节。 4.2 基于色谱的初步分离： 离子交换层析（IEX）和疏水作用层析（HIC）在初步蛋白质组分级中的应用。 4.3 Mock-Tandem 策略： 介绍如何结合不同分离介质，实现对蛋白质组的广谱覆盖。 第五章：蛋白质的酶解——肽段的生成 5.1 还原、烷基化与酶切试剂的选择： 重点讨论还原剂（DTT, TCEP）和烷基化剂（碘乙酰胺IAM, 4-VINYLPYRIDINE）的反应条件与优化。 5.2 胰蛋白酶（Trypsin）的优化切割： 酶与底物比例、反应时间、温度控制在确保高效和特异性切割中的作用。 5.3 替代性酶解方法： 探讨Glu-C、Lys-C等对特殊结构蛋白或复杂基质的切割效果，以及“一锅法”酶解的效率考量。 5.4 肽段的纯化与脱盐： 固相萃取（SPE）小柱的操作流程、不同吸附剂的选择及其对肽段回收率的影响。 第六章：低丰度蛋白和特定蛋白质的富集策略 6.1 高丰度蛋白的去除（Depletion）： 详细介绍基于亲和层析柱（如MARC、Seppro系列）去除血清白蛋白、叶绿素相关蛋白等策略。 6.2 磷酸化、糖基化或泛素化蛋白质的特异性富集： 金属离子亲和层析（IMAC/TiO2/Fe3+）在磷蛋白富集中的应用与操作要点。 6.3 基于抗体的富集技术（Immunoaffinity Enrichment）： 在植物蛋白质组学中，针对特定靶点的抗体捕获方法的构建与应用。 --- 第三部分：质谱分析与数据解析 本部分深入探讨现代蛋白质组学研究的核心——液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）的操作参数、数据采集模式，以及如何从海量数据中提取有意义的生物学信息。 第七章：液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）基础与操作 7.1 色谱分离： 梯度洗脱的优化、色谱柱的选择（C18、HILIC等）对肽段铺展和覆盖率的影响。 7.2 质谱采集模式： 从定性为主的Data-Dependent Acquisition (DDA) 到定量为主的Data-Independent Acquisition (DIA) 的技术原理与应用场景分析。 7.3 高分辨质谱（HRMS）的应用： 聚焦Orbitrap和Q-TOF技术在提高鉴定精度和降低背景噪音中的优势。 7.4 仪器维护与性能验证： 确保质谱仪日常操作的稳定性和灵敏度的标准流程。 第八章：定量蛋白质组学的方法学 8.1 标记定量技术综述： 比较非标记定量（Label-Free Quantification, LFQ）与标记定量（TMT/iTRAQ）的优劣势和成本效益。 8.2 基于标签的定量流程详解： TMT/iTRAQ标记试剂的反应条件、纯化步骤与MS/MS扫描策略。 8.3 LFQ的统计学基础： 归一化方法（Total Ion Current, Median Normalization）的选择与影响。 第九章：生物信息学数据处理与功能注释 9.1 数据库选择与搜索策略： 针对植物物种的蛋白质数据库构建、蛋白序列来源（如NCBI NR, SwissProt）的选择，以及搜索引擎（Mascot, SEQUEST, MaxQuant）参数的设置。 9.2 过滤与质量控制： FDR（错误发现率）的设定标准、肽段唯一性、谱图匹配质量评分（Delta Mass, Score）的评估。 9.3 蛋白质修饰（PTM）的鉴定： 关注特定翻译后修饰的分析流程，如磷酸化、乙酰化位点的识别与验证。 9.4 下游数据解读与可视化： 基于GO（Gene Ontology）、KEGG通路分析对差异表达蛋白质进行功能富集分析。差异蛋白的可视化（火山图、热图）与统计显著性报告。 --- 第四部分：应用与前沿技术 第十章：植物蛋白质组学的特定应用案例 10.1 胁迫响应蛋白质组学： 干旱、盐碱、低温等非生物胁迫下蛋白质表达模式的分析策略。 10.2 发育生物学中的应用： 花发育、种子成熟、次生代谢产物合成途径中的关键蛋白鉴定。 10.3 亚细胞定位与相互作用组学（Interactomics）： 介绍酵母双杂交（Y2H）的改进方法在植物系统中的应用，以及Co-IP/MS技术如何确定蛋白质复合物。 第十一章：新兴与交叉技术展望 11.1 靶向蛋白质组学（Targeted Proteomics）： SRM/PRM 技术在验证生物标志物和高灵敏度定量中的应用。 11.2 单细胞蛋白质组学的挑战与潜力： 应对植物细胞异质性的新型样品制备和检测技术。 11.3 整合组学： 如何将蛋白质组数据与转录组、代谢组数据进行多组学整合分析，构建更完整的植物生理模型。 --- 附录： 常用化学试剂配制与储存指南 常见实验故障排除手册（如酶切不完全、质谱信号弱） 常用生物信息学工具及在线资源索引 本书旨在为植物生物学、农业科学及生物技术领域的研究人员、研究生提供一本详尽、可靠、可操作性极强的实验参考手册。

评分☆☆☆☆☆

作为一名在高校生物技术专业即将毕业的本科生，我一直渴望能够将课堂上学到的理论知识与实际的实验操作相结合。《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》这本书，恰好满足了我这一需求。我最先被书中关于蛋白质分离纯化技术的部分所吸引。书中详细介绍了 SDS-PAGE、二维电泳、亲和层析、离子交换层析等多种常用的蛋白质分离方法，并且针对植物特有的复杂基质，给出了许多优化实验条件和解决常见问题的实用技巧。例如，在处理植物细胞壁时，书中提供了几种不同的酶解方案，并详细说明了每种方案的适用范围和潜在风险，这让我觉得非常贴心。我还特别留意了书中关于胶体保护和染色技术的讲解，从 Coomassie 亮蓝染色到银染，再到荧光染色，都配有详细的步骤和图片，并且对各种染色的灵敏度和特异性进行了比较，这让我能够根据自己的研究需求选择最合适的染色方法。另外，书中还强调了实验过程中的安全事项和废弃物处理规范，这对于我们初学者来说是至关重要的。通过学习这本书，我不仅掌握了蛋白质分离和鉴定的基本技术，更重要的是，我学会了如何系统地思考和设计实验，这对我未来的科研道路打下了坚实的基础。

评分☆☆☆☆☆

我在大学期间参与了一个关于植物生长调控因子的项目，导师推荐我参考《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》来完成蛋白质鉴定部分的工作。我最先被书中关于蛋白质提取和纯化的几个案例研究所吸引。作者选取了不同来源的植物材料，详细阐述了针对这些材料设计的特异性提取和纯化方案，并对每一步的关键参数进行了细致的说明和解释。例如，书中在处理富含酚类物质的植物组织时，提供了多种去除酚类物质的策略，包括使用 PVA 聚合物、不同 pH 值的缓冲液，甚至是通过植物组织预处理等方法，这让我觉得非常实用。我特别喜欢书中在介绍实验方法时，总是会附带一些“常见问题及解决方法”的小贴士，这大大降低了我们初学者在实验过程中遇到困难的概率。书中对于不同蛋白质组学平台（如 MALDI-TOF/TOF、ESI-Orbitrap等）的性能特点和应用范围也进行了清晰的介绍，并针对植物蛋白质组学研究的特点，给出了选择合适平台的建议。这本书不仅仅是一本操作手册，更像是一位经验丰富的导师，它能够引导我们从宏观上理解整个实验流程，并在微观上解决遇到的每一个具体问题。

评分☆☆☆☆☆

我是一名在某生物科技公司从事产品研发的资深工程师，我们公司一直在生物医药领域探索新的靶点和通路，其中植物来源的活性蛋白一直是我们的关注重点。《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》这本书，为我们在探索植物蛋白功能和应用方面提供了宝贵的参考。我非常欣赏书中关于高通量筛选和自动化实验设计的理念。书中介绍了如何利用微流控技术和高密度芯片进行大规模的蛋白质筛选，以及如何通过机器人自动化平台来提高实验效率和可重复性。虽然这些技术可能在我们日常实验室中不是最常用的，但了解其原理和应用前景，对于我们把握行业前沿趋势非常有益。我特别关注书中关于数据库构建和信息学分析的章节。作者详细介绍了如何从公共数据库中提取植物基因组和蛋白质序列信息，如何利用生物信息学工具进行序列比对、功能预测和网络分析。书中还提供了一些常用的蛋白质组学数据分析软件的介绍和使用教程，这对于我们快速地从海量数据中挖掘有价值的信息至关重要。这本书的深度和广度都让我印象深刻，它不仅涵盖了基础的实验操作，更触及了前沿的研究方法和技术，为我们进行更深入的植物蛋白研究提供了强大的技术支撑。

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我是一名在科研院所从事植物生理学研究多年的副研究员，一直以来都对蛋白质组学的研究方法抱有浓厚的兴趣，但苦于没有系统性的实验指导。这次有幸接触到《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》，我尝试性地阅读了其中关于蛋白质鉴定和定量分析的部分。这本书对于质谱分析的原理和技术进行了深入浅出的讲解，让我对De novo测序、数据库搜索等方法有了更清晰的认识。我特别喜欢书中关于数据分析策略的讨论，作者详细阐述了如何选择合适的数据库，如何设置搜索参数以提高鉴定效率和准确性，以及如何进行差异蛋白分析和富集分析。其中关于蛋白质翻译后修饰（PTM）的研究部分，更是让我眼前一亮。书中不仅介绍了磷酸化、糖基化等常见的PTM，还提供了相应的富集策略和质谱分析方法，这对于我们研究植物在逆境胁迫下的信号转导机制非常有帮助。此外，书中还对不同定量策略（如iTRAQ、TMT、Label-free）的优缺点进行了比较分析，并给出了在不同研究场景下如何选择最合适定量方法的建议。我个人认为，这本书最大的亮点在于它不仅仅是罗列实验步骤，而是深入到实验设计的哲学层面，引导读者思考“为什么这样做”以及“如何做得更好”，这对于提升实验人员的科研素养至关重要。

评分☆☆☆☆☆

作为一名初涉植物蛋白质组学领域的博士生，我怀着忐忑又兴奋的心情翻开了这本《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》。初次拿到这本书，我的第一感觉就是它的专业性极强，封面设计简洁大气，书本本身的质感也十分不错，厚实的分量预示着内容的翔实。我特别关注了书中关于样本准备的部分，因为这通常是影响后续实验结果的关键一步。书中对不同植物组织（如叶片、根、种子）的采摘、保存、研磨以及细胞裂解等环节都进行了细致的描述，并且针对不同植物类型和研究目的，给出了多种优化方案和注意事项，这一点对于新手来说简直是福音。我尤其对其中关于如何最大限度地减少蛋白降解和修饰的章节印象深刻，作者列举了多种常用的蛋白酶抑制剂混合物以及它们的最佳使用浓度和条件，还提供了不同裂解缓冲液的配方和适用范围，这让我觉得书中的内容是经过反复实践验证的，非常具有指导意义。另外，书中在起始步骤就强调了前处理的重要性，比如去除干扰性物质，这在我之前的学习中是比较模糊的概念，而这本书则给出了具体的实验操作流程和相应的对照实验设计，让我能更清晰地理解每一步的原理和目的。这本书的结构安排也十分合理，从基础的实验设计理念到具体的实验操作步骤，层层递进，条理清晰，让我能够循序渐进地掌握植物蛋白质组学的实验技术。

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正如所有的亚细胞的蛋白质组学研究，提取细胞壁蛋白质组的关键因素是提取的蛋白质片段不能被来自细胞其他部位的蛋白质污染。通常情况下用两种方法来分离细胞壁细胞壁的蛋白质。非破裂和破裂蛋白质提取两种方法各自有其优缺点，特别是有关蛋白质污染和改进当前的提取方法。第二个重要方面是多糖多酚类污染物的清除，它们在双向电泳中产生不良作用。过去，细胞培养为细胞壁蛋白质的提取提供了均一并且相对“干净”的组织来源。虽然分化的组织在生物学研究上相关性更强，但是研究起来更加复杂和困难，目前对于这些组织的大规模的蛋白质组的成果相对比较新。本章简单总结现有细胞壁蛋白质提取方法并且描述一种从紫花苜蓿茎中提取细胞壁蛋白质的具体方法。

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沈世华，中国科学院植物研究所研究员，博士生导师。兼任中国科学院唐山高新技术研发与转化中心工程植物事业部部长，中国植物生理学会植物生物质与生物能源专业委员会委员。

评分☆☆☆☆☆

速度很快

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